
Debutó en 1ª División el 16 de Diciembre de 1990 frente al Cádiz, en el Camp Nou y a partir de ahí Johan Cruyff lo seleccionó como medio centro del primer equipo y fue el director de orquesta del "Dream Team".
Tras la retirada de Bakero, Guardiola se hizo con la capitanía del equipo, ganando varios títulos de Liga y con el tiempo mejoró su disparo a puerta, especialmente en lanzamientos de falta directa. Abandonó el Barça el 11 de Abril del 2001, yendose a Italia, donde no triunfó, pero si hizo un destacado papel.
Luego volvió al Barça, siendo junto a Carles Busquets, el jugador con más ligas ganadas, seis, tras 379 partidos jugados, de los cuales ganó 224, empató 82 y perdió 73. El 21 de Junio del 2007 es presentado como nuevo entrenador del barça "B", pero como el primer equipo va tan mal, echan a Reijkaard, y es designado por la junta directiva, entrenador del F.C. Barcelona (8 - Mayo - 2008).

En su primera temporada como entrenador, consigue un triplete histórico, la Champions, la Liga y la Copa del Rey, convirtiendo al Barça en el primer equipo español en lograrlo.